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Bio-informatique

     

On regroupe sous le terme de bio-informatique toutes les applications informatiques appliquées à  la biologie. Cela va de l'analyse du génome à  la modélisation de l'évolution d'une population animale dans un environnement donné, en passant par la modélisation moléculaire, l'analyse d'image, le séquençage du génome, la reconstruction d'arbres phylogénétiques...

(NOTE: L'orthographe bioinformatique, sans trait d'union, est erronée et est calquée de l'anglais bioinformatics.)

Sommaire
1 L'analyse de séquence
2 La modélisation moléculaire
3 Construction d'arbres phylogénétiques
4 La modélisation de population
5 Liens externes

L'analyse de séquence

Alors que de plus en plus de séquences de génome, de transcriptome ou de protéome sont disponibles, la signification de la plupart de ces séquences reste à  comprendre. La première difficulté a été d'organiser cette énorme masse d'information et de la rendre disponible à  l'ensemble de la communauté des chercheurs. Cela a été rendu possible grà¢ce à  différentes bases de données, accessibles en lignes, comme SwissProt, PDB, genBank... (cf. liens en fin d'article).

Il faut ensuite développer des outils d'analyse de séquences, d'alignement de séquences (pour trouver des analogies entre des séquences déjà  bien connues et d'autres qu'on ne connaît pas par exemple)...

La modélisation moléculaire

Un autre aspect est la visualisation et la modélisation moléculaires (voir les protéines en 3D) pour étudier par exemple les sites actifs d'une enzyme, mettre au point informatiquement une série d'inhibiteurs possibles pour cette enzyme, et ne synthétiser et ne tester que ceux qui semblent convenir. Cela permet de réduire les coà»ts de recherche et d'accélérer ces recherches.

La visualisation de la structure tridimensionnelle d'acides nucléiques (ARN et ADN) fait également partie de la palette des outils bio-informatiques très utilisés.

Il y a aussi la dynamique moléculaire, on essaye de voir le comportement d'une molécule dans son milieu en modélisant les différents champs de force entrant en jeu (force de van der Waals, etc.). La bio-informatique intervient aussi dans le séquençage, avec par exemple l'utilisation de puces à  ADN ou biopuce.

Encore un autre aspect est la prédiction de la structure 3D d'une protéine à  partir de sa séquence primaire (la liste des acides aminés qui la composent), en modélisant les différentes caractéristiques des acides aminés. Cela a un grand intérêt car la fonction, l'activité d'une protéine dépendent grandement de sa forme. De même, la modélisation des structures 3D d'acides nucléiques (à  partir de leur séquence nucléotidiques) revêt la même importance que pour les protéines.

Construction d'arbres phylogénétiques

La modélisation de population

Liens externes

Bases de données :

Logiciels et programmation : Institut et ressources en bio-informatique :